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系統檢測參考文獻需要一定的規則，首先需要在原文中進行標記如①這些字符，再次需要知網數據庫中有相關的語句。 最后目錄要自動生成，如果是人工編寫目錄，系統無法進行識別，也就會把參考文獻算做抄襲。
對比上面三點，同學們快看看自己的論文中有沒有出現這樣的問題呢？ 參考文獻有些同學也出現了都被標紅的問題，因為參考文獻是什么，就是別人論文題目的一個列表，當然這些論文都是收錄在知網系統中的，無論是題目還是內容都是會重復，但是由于是特別的內容，知網將排除論文末尾的參考文獻，不參與查重，以灰色顯示。 為什么有的同學標紅了，以下是原因：
“引用”想要被檢測系統識別，就需要遵守系統規則。 1、引用的句子一定要加“”號。 2、引用的句子需要知網數據庫收錄，如果沒有收錄就無法形成對比，然而無法標記引用。 3、引用的內容不能超過系統的限制，否則會被飄紅或者顯示過度引用。 論文需要符合以上的查重規則，才能被系統識別出“引用”。 這里提醒一下，一篇論文如果引用太高的話，也是不能通過學校作弊檢測的。 了解這個之后，很多人在提交論文的時候，還是有“引用”不能被識別，或者是腳注尾注不能被識別，很大一部分原因是因為格式的問題，下面我們舉例說明。 有些人不太會用word和wps，在設置腳注或者尾注的時候，沒有自動生成，而是手工添加的，這在系統中就會造成無法識別。