學術會查重以下這幾個部分的內容：摘要、目錄、正文、參考文獻。具體查哪些內容最終還是要以學校的要求為準，正確的目錄和參考文獻不影響學術查重的結果，因為學術可以識別到目錄和參考文獻剔除并不參與正文檢測。

參考文獻應該不算，因為提供的參考文獻主要用于確定正文中重復的地方是否屬于引用。

做標記的地方應該就不算了吧。