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論文注釋按照注釋放置的位置可以分為當頁腳注和參考文獻。當頁頁下的腳注就是在該頁面對本頁文中引用的文獻資料進行注釋，而參考文獻就是把所有的參考文獻放在論文的最末尾，單獨作為一個板塊。我們分兩部分來介紹這兩種注釋。腳注的添加方法
查閱文獻的時候，如果你看到的是文獻的全文，作者名字都是完全顯示出來的，那么一般就是名在前姓在后了；如果你在數據庫，比如Pubmed里檢索到摘要，那通常是姓是全拼出來的，而名字只剩縮寫了（Smith J）。 其實，引用文獻不一定要提到作者的名字。 如果每句話都加上作者的名字，會影響文章閱讀起來的流暢性。
在獲取參考文獻時由于來源不同，捕獲的雜志名稱格式也不同，有時為全稱，有時為不加點的縮寫，有時為加點的縮寫，這在引用時會造成一些麻煩，使得論文中參考文獻來源的雜志名字不統一。 而這一點，不能單純的通過修改Endnote-output style來解決。
如果你引用的文獻有兩個作者，普遍接受的寫法是兩個作者的姓都要寫上：Smith and Zhang (2008) reported… 三個或更多作者的時候，除非期刊關于列出幾個作者有特別規定，只需要寫出第一作者 + et al. 從上面的例句還可以看出，如果你引用文獻時提到了作者的名字，也要加上發表的年份，不論文獻的格式排版如何。 中國作者在這方面容易出現的一個錯誤是用全名，尤其是在提到中國作者的名字時。 用中文寫論文時可能這種寫法是普遍接受的，但是要記住用英文寫的時候只要姓就可以了。 另一個常見錯誤是 姓和名混淆 ，這可能是因為英文里名在前，姓在后，和中文習慣相反造成的。