1.重慶大學屬于教育部直管，重慶醫科大學不歸重慶市衛生計生委管，也不歸重慶市教育委員會管，重慶醫科大學和重慶市衛生計生委平級，是重慶市管轄高校，廳級單位。 重慶醫科大學的幾所附屬醫院，附一院、附二院、兒童醫院是副廳級單位，其余幾所附屬醫院，比如口腔醫院，永川醫院，大學城醫院，康復醫院是處級單位，在組織隸屬上也不歸重慶市衛生計生委管，直屬重慶醫科大學，在業務上接受重慶市衛生計生委指導，上述三家副廳級單位的黨政一把手，由市委組織部選拔任用，重慶醫科大學有建議權。

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