HLA抗原多態性是由其編碼基因的堿基順序不同的結果。 不同個體HLa DNA堿基順序的差別造成了限制性內切酶切位點的不同，從而導致DNA電泳后限制性片段長度上的多態性。 主要步聚是經印跡法轉移到硝酸纖維膜上，然后用已知的cDNA探針進行雜交，經放射自顯影可查知相應基因的何種長度的DNA酶切片段上。

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