兩次檢測的系統不是同一個系統。只有檢測相同的系統才會得到一致的結果。兩次檢測的內容不同，如果內容有所變動，哪怕只是幾句話，都會影響整篇論文的查重。如果上述兩點都沒有，則可能就是查重系統數據庫更新的原因，查重系統的數據庫是不定時更新的，系統的算法也隨時可能會更新。比如抄襲的文章第一次檢測時并沒有被系統收錄所以沒有查出來，第二次檢測時那篇文章已經被系統收錄了，就會查出來導致重復率增高。

學術不端檢測系統包含了五個，分為VIP5.1/TMLC2、PMLC、大分解、小論文（分解）、期刊，它們之間也有區別的。第一，學術小論文和學術大分解兩者只是可檢測的字符數不同，小論文的字符數在1.4W以內，大分解在2.9W以內，數據庫是一樣的。第二，學術小論文比學術PMLC少了一個“大學生聯合比對庫”，字符數是5W以內，其它的數據資源庫也是一樣的，如果你所借鑒的文章有被學術收錄在“大學生聯合比對庫”這個文獻庫中，那么就會有較大的差距。第三，學術小論文和比學術VIP5.1少了一個“學術論文聯合比對庫”，檢測字符數為18W以內，其他都是一樣的，如果你你所借鑒的文章有被學術收錄在“學術論文聯合比對庫”中，那么檢測結果兩者就會有差距，如果沒有的話，那么兩者的結果是一樣的。第四，在提交檢測時如有發表過文獻，而且被學術收錄了，就需要填寫作者名，就能得到去除后的結果。所以同一篇文章（文章內容沒有改動），學術數據庫沒有有更新，學校沒有自建庫，結果就會是相同的。