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有的學校在規定論文是否通過查重時，不僅要求全文重復率不能超過多少，還對每章重復率也有要求，以連續13個字與別的文章重復做為判斷依據的。 所以不能連續超過13字相同，否則就會標紅。
字數表示的是單詞的個數，中文一個字算一個，英文一個詞長算一個；字符數表示的則是字母的個數；學術查重對于標點的計算，標點如果是全位的，即占一個中文字位的算一個字，占半位不算字，只算字符。 因此論文查重的總字數會與word中的字數相比會有很大的差別，尤其是現在每篇論文中都會有英文摘要或外語引用文獻，對于外語而言則更占字符數了。
論文查重的基本算法，就是查重系統將所檢測的論文，與比對數據庫范圍中的文獻，按照一定的算法進行識別計算出重復率，并生成檢測報告單。 由于不同的查重系統有其獨特的比對數據庫，算法也不一樣，因此，同一篇論文，不同的查重系統重復率也不一樣。