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學術參考文獻一般不查重，而且論文的參考文獻是一般是不需要查重的，而且學術檢測系統時，就算把全部的論文上傳上去，學術檢測查重系統也是可以識別正確的目錄和參考文獻并剔除，不參與正文檢測。 但是也千萬不要圖省錢，把參考文獻哪些不參考查重的地方省略了。
萬方和學術都是目前比較優秀的查重系統，沒法對比哪個查重結果更為準確，首先是要明確高校定稿是什么系統，假設是學術查重，那么初稿檢測就沒有必要選擇萬方查重，因為萬方查重是付費檢測，初稿查重一般都會多次檢測，所以不建議（同樣也適合定稿是萬方查重），可以使用paper系列免費查重系統，基本上查重是不需要付費的，也大大降低學生們的生活費，之前總結的查重品牌僅供參考： 萬方和學術一樣，都是國內主流的論文查重系統，國內很多高校、期刊社都跟萬方合作。
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1、萬方查重檢測報表中的文獻引證檢測與重復率表征相對簡潔，一般在總體結論中，只給出“總相似比”、“參考文獻相似比”和“排除參考文獻相似比”。 在相似片段分布中用綠色區域表征參考文獻相似部分的位置，紅色區域為與其他未被引用的論文相似部分，并列出相似論文作者和典型相似論文及其典型片段總相似比。